Das es innen naß ist, kommt daher das Wasser an der Scheibe entlang durch das Dichtungsfilz/gummi läuft. Solange die Schaumstoffmatte in der Tür nicht nach innen durchgeweicht ist, ist das völlig normal und unkritisch.
Wenn die Dämmmatte aber durchweicht ist und dann in Richtung Innenraum Wasser abgibt, siehst Du das zuerst daran das auf dem Türrahmen Wasser steht, das bei größeren Durchweichungen auch schon mal in den Fußraum läuft.
Das Problem hatte ich bei meinem 02er Mondi Turnier schon an 2 Türen

, war aber relativ einfach zu beheben (siehe Datenbank).
Der Fordhändler will dafür ca. 80€, weil er Dir gleich eine neue Matte einklebt.
Gruß,
Torsten